El centro comienza su andadura el curso 96/97 con un centenar de alumnos, de 3º de E.S.O., y siete profesores en instalaciones cedidas por la Escuela de Arte de Mérida (Actualmente, Escuela de Arte y Superior de Diseño), hasta que se concluyerán las obras de su actual ubicación en la Avenida de las Américas en el poligono Nueva Ciudad. Amplio y moderno edificio que empezó a utilizarse en septiembre de 1997, tras dos meses de duro trabajo, de limpieza, amueblado y organización.
En el curso académico 97/98, el número de alumnos se multiplicó por tres, al igual que el de profesores, la oferta educativa se reducía a 2º ciclo de E.S.O. y primero de Bachillerato; en el curso siguiente comenzaría la implantación progresiva de los ciclos formativos y el primer ciclo de Secundaria
En diciembre de 1996 el Consejo Escolar aprobó la denominación de «Sáenz de Buruaga», para el hasta entonces denominado: IES nº2 de Mérida y en marzo de 1997 se celebró la Inauguración «oficial» del instituto por Dña. Esperanza Aguirre y Gil de Biedma, ministra de Educación y Cultura.
Nuestro nombre es en memoria de D. José Álvarez Sáenz de Buruaga, que durante 40 años fue director del Museo de Mérida e impulsor de la creación del actual Museo Nacional de Arte Romano. Sáenz de Buruaga dedicó mucho trabajo a la recuperación del patrimonio arqueológico emeritense, además fue docente en el, entonces, único instituto de la localidad. Falleció en agosto de 1995 a los 76 años.
Un Real Decreto de 30 de marzo de 1996 crea el IES Nº2 de Mérida
Es el Documento por excelencia del Centro. Es una propuesta integral que permite llevar a cabo, de forma coherente y eficaz, los procesos educativos del mismo.
Recoge nuestras señas de identidad, la línea educativa que perseguimos, el modelo de organización del Centro y las normas de convivencia.
Los principales documentos del centro están disponibles en: Documentos
El Instituto cuenta con suficientes instalaciones para desarrollar la docencia. Consta de dos edificios, uno de ellos que alberga e
l Gimnasio y el princiapal con tres plantas en las que se distribuyen las aulas, laboratorios de Ciencias Naturales, de Física, de Química, aula de Dibujo, de Música y de Tecnología, la Biblioteca y la Sala de Audivisuales, además del Salón de Actos, Cafetería, Secretaría, departamentos, Sala de Profesores y despachos…